在盐厘方面，由于淮盐水路运输的通道被九洑洲的太平军阻断，而陆路运输的通道又被苗沛霖阻断，淮盐很难运往引地。另外，由于淮盐外运的通道长期被阻断，原本是淮盐引地的湖北、湖南、江西等地的老百姓已经习惯了吃川盐、粤盐等，此时即便有中国商人冒着生命危险将少量淮盐运到上述地方，也很难销售出去。

湖北、湖南、江西等地的督抚也抵制淮盐输入，因为他们都从川盐入楚、粤盐入楚中尝到了甜头，向私盐贩子抽取的盐厘已经成了各省财政的支柱。一旦恢复淮盐引地，则便宜了两江，而损害了自己。长此以往，商人也就不再运输，盐厘收入也就没了。

英国人倒是可以把大量淮盐运到长江中上游来销售，因为九洑洲的太平军不敢惹他们，然而这些黄头发、绿眼睛带着坚船利炮的私盐贩子不可能向清政府交税，这方面的盐厘收入几乎没有。因为不要交税，这些英国人可以将盐以极低的价格抛售，倒也不愁没人买。那些冒着生命危险走正规程序的中国商人可享受不到这么好的待遇。他们要交税，价格就压不下来，而盐的品质又低于川盐、粤盐，买的人很少。总而言之，安徽省在这一段时期内，盐厘收入是很少的。

由上可见，曾国藩想从安徽入手解决粮饷问题，也是不现实的。那么，士兵数不断增加的湘军到底从哪里去争取更多的军饷呢？曾国藩的得意门生李鸿章主政的江苏省，倒是一个增加军饷的好去处。上海是当时中国对外开放的门户，每年关税厘金收入在五百万两白银以上，相当于中国岁入的十分之一。曾国藩之所以派李鸿章组建淮军东下，最主要的目的就是想通过李鸿章控制上海的财政大权，用以解决湘军日益严重的军饷匮乏问题。然而，一向自视甚高的李鸿章会按照曾国藩设想的那样去做吗？

李鸿章在上海站稳脚跟后，很快掌握了上海的财政大权。作为曾国藩的学生，他理应将收入的至少三分之一交给曾国藩，以解决曾国藩嫡系部队日益严重的粮饷问题。然而，这时候的李鸿章已经产生了自立门户的想法。

李鸿章深知，在这个变幻莫测的乱世当中，掌握军队就意味着掌握了一切。他不断扩充作为自己政治本钱的淮军。淮军最初只有几千人，经过李鸿章的不断扩充，达到七万多人。

在饷银发放方面，淮军和湘军有着很大不同。湘军是很少发全饷，每次发饷都要打折扣，并且长期拖欠。没有战事的时候，饷银一直拖欠着。重大战事来临之际，才会赶紧发一两个月的全饷，激励士兵拼命作战。淮军则不同。凭借上海充足的财力，淮军一直都是发全饷的。七万多军队，一个月需要军饷五十多万两，一年就是六百多万两。这样算起来，上海的全部关税厘金收入用来支付淮军的军饷，每年都还少了一百万两左右。