元世祖为了清查土地征收赋税曾实行过土地所有者自报田地的经理法，由于未能确实执行，1314年元仁宗又派大臣往江浙、江西、河南三地实施经理法，但实施结果仍然弊端极多，人民纷起反抗，以至仁宗不得不下诏免三省自实田租二年，最后不了了之。

同时建立管理农业的政府机构，由劝农司指导、督促全国各地的农业生产，并以“户口增，田野辟”，作为考核、选用官吏的标准。政府还编辑出版《农桑辑要》，推广农业生产先进技术，保护农业劳力和农民耕地，禁止占民田为牧地，招集逃亡，鼓励垦荒，储备种子，兴修水利，使全国农业生产得到了恢复和发展。到了元世祖时，关中小麦已盛于天下，产量年年增加。元至元二十六年（公元1289年），在浙东、江东、江西、湖广、福建等地，大种经济作物棉花，设木棉提举司，岁输木棉布10万匹。

棉花种植在江南各地和陕甘一带广为流行。中后期已推广至全国各地。1289年政府在浙东 江东 江西等地设木棉提举司，年征棉布10万匹，又规定江南各地夏税折征棉布。棉花的广泛种植对改变我国人民衣着有重大意义。由于政府采取了不少有利于农业发展的措施，在广大农民的辛勤劳动下，农业生产逐渐得到了恢复。关中、两淮、山东的恢复最为显著。河南由于流民纷纷返乡生产，致使地价猛涨，为原来的十倍、百倍。南方的农业生产破坏较少，在南宋基础上继续得到发展。

元朝为满足政府和贵族需要，各级政府和王公贵族皆办有手工业。官办手工业有充足的人力、物力，规模大，产品多。有些产品不计时间、不计成本，十分精良，非北宋官营手工业可比，但工匠待遇十分低下，效率很低。

民间手工业多数是自给自足的家庭手工业。一些城镇和纺织业中出现了作坊，如杭州已有拥有四五台织机、雇工十余人的丝织作坊，雇工除领取工资外尚免费提供衣食。民间手工业设备和生产条件差，但生产效率高，成本低，有些产品的生产技术和质量超过官营手工业。

棉纺织成为江南农村普遍的家庭副业。在棉纺织方面作出重大贡献的是松江乌泥泾（上海县）人黄道婆。她原是童养媳，在海南岛黎族地区生活了30年。她把从黎族人那里学到的纺织技术加以改进。在松江推广了搅车、弹弓、卷篷、纺车、拨车、轩床、线架、织机等工具，又传授了错纱、配色、综线、挈花等方法，产品有被、缛、带、毛巾等，上面有折枝、团凤、棋局、字样等。印染术也有很大改进，能染青花布，有人物花草等，永不褪色。

元朝土地仍可分为官田和私田两种。官田主要来自宋、金的官田，两朝皇亲国戚、权贵、豪右的土地，掠夺的民田，以及经过长期战乱所形成的无主荒地。元廷把所掌握的官田一部分作为屯田，一部分赏赐王公贵族和寺院僧侣，余下的则由政府直接招民耕种，收取地租。其屯田的数量极大，遍及全国，其中以河北、河南两省最多。其中民屯是役使汉人屯垦收租，军屯则分给各军户，强迫相当于奴隶的“驱丁”耕种。私田是蒙古贵族和汉族地主的占地以及少量自耕农所有的田地。元朝以大量土地赏赐寺院，例如1316年元仁宗曾赐给上都开元寺江浙田二百顷、华严寺百顷。元朝也有一定数量的自耕农，然而地位很低下，生活十分困苦。